Because the SQLite library is both a client and a database you have the ability to call PHP function(s) from within SQL queries.

<?php
    $db = sqlite_open(dirname(__FILE__)."/db2.sqlite");

    /* bool sqlite_create_function ( resource dbhandle, string function_name, mixed callback [, int num_args]) */
    sqlite_create_function($db, "my_date", "date", 2);

    /* the above function makes PHP date() avaliable from SQLite as my_date() 
     * and for highest performance indicates that it requires exactly 2 arguments */

    $res = sqlite_array_query("SELECT title, my_date((SELECT time_format FROM profile WHERE login='ilia'), timestamp) AS date
                    FROM messages", $db, SQLITE_ASSOC);

    foreach ($res as $v) {
        echo $v['title'] . " was posted on " . $v['date'] . "<br />\n";
    }

    sqlite_close($db);
?>
Output