También en PEAR 1.4, se ha incluido una actualización completa de la forma como se describen los paquetes, y como debe de manejarse: Una forma más general de describir dependencias, de tal manera que se puedan definir no solo paquetes opcionales y requeridos, si no también versiones recomendadas o requeridas, asi como la posibilidad de que estos provengan de diferentes canales de distribución. Definición de nuevos roles para los archivos, y las tareas asociadas con cada nuevo rol. Esto es crítico para sistemas integrados (por ejemplo un CMS, o un Bulletin Board), en los cuales se requiere una organización específica del código instalado. Posibilidad de definir tareas y scripts que corran luego de finalizada la instalación del código, para finalizar la configuración del sistema, o simplemente para limpiar archivos temporales.