Puedes definir una función global llamada __autload() que se use para satisfacer automáticament la resolución de las declaraciones de clases cuando el programa esta corriendo.
[archivo: Math/Matrix.php]
<?php
 
class Math_Matrix {
        
/* ... */
 
}
?>
[archivo: Math/Quaternion.php]
<?php
 
class Math_Quaternion {
        
/* ... */
 
}
?>
[archivo: calculos.php]
<?php

 
function __autoload($classname) {
        list(
$math$fname) = explode('_'$classname);
  include_once 
"{$math}/{$fname}.php";
 }

 
$m = new Math_Matrix();
 
$q = new Math_Quaternion();

?>